Struktur organisasi dan uraian tugas Puskesmas Karanganyar dibentuk sesuai Keputusan Bupati Pekalongan Nomor 8 Tahun 2012, tentang penjabaran tugas pokok dan fungsi unit pelaksana teknis pada dinas daerah bab V pasal 22 dan pasal 23. Pasal 22 ayat 1, menyebutkan bahwa puskesmas dipimpin oleh seorang Kepala Puskesmas yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Dinas melalui Sekretaris. Pada ayat (2): Puskesmas mempunyai tugas melaksanakan dan mengoordinasikan kegiatan pelayanan kesehatan di wilayah kerja Pusat Kesehatan Masyarakat (Puskesmas). 

Struktur organisasi Puskesmas tergambar pada bagan struktur organisasi Puskesmas Karanganyar (Sebagai PPK-BLUD), sebagaimana di bawah ini: